7۔شعبہ ایڈمیشن
8۔شعبہ مدنی کا تقرّر
9۔شعبہ ریکارڈ
10۔مجلس تربیت
11۔شعبہ پبلشنگ
12۔شعبہ مالیات 
13۔شعبہ خود کفالت
ان ذیلی شعبہ جات میں مجلسِ تعلیمی امور اور شعبۂ امتحان اتنے وسیع ہیں کہ مجلس جامعۃُ المدینہ کے علاوہ خود ان کے کاموں اور ہدایات کی ماسٹر فائل سو سےزائد صفحات پر مشتمل ہے۔
(1)مجلس تعلیمی امور
تعلیمی ادارے کے عروج و کمال کا انحصار نظامِ تعلیم کی پختگی، تعلیمی نصاب کی جامعیت اور سازگار تعلیمی ماحول پر ہوتا ہے اچّھے اور ماہرِ فن اساتذہ کی موجودگی جس کے حُسن میں مزید اِضافہ کر دیتی ہے۔ اس مقصد کے پیشِ نظر ”مجلس تعلیمی امور“ قائم کی گئی جو تعلیم سے متعلق تمام کاموں کی ذمّہ دار ہے۔ فِی الحال یہ مجلس 9اسلامی بھائیوں پر مشتمل ہے۔
جامعاتُ المدینہ کو تعداد اور کام کی نوعیت کے لحاظ سے ریجن پر تقسیم کیا گیا ہے جن کے تحت زون بھی ہوتے ہیں ان پر تعلیمی ذمّہ دار مقرّر ہیں جو متعلقہ جامعات کے تمام تر تعلیمی معاملات کی نگرانی کرتے ہیں۔ ان کے کچھ کاموں کی تفصیل اس طرح ہے:
ماہانہ جائزہ:
دورانِ تعلیم طلبہ نے کیا اور کتنا سیکھا؛ یہ جانے بغیر تعلیم و تعلم اور درس وتدریس کا لائحۂ عمل ترتیب نہیں دیا جاسکتا۔ اس لئے جانچ پرکھ کو نظامِ تعلیم کا لازمی جُز بنایا گیا جس کے مختلف فائدے ہیں۔مثلاً:
(1)طلبہ کے سیکھنے کی رفتار اور معیار کا اندازہ ہوتا ہے۔
(2)طلبہ کی کوتاہیوں سے واقف ہوکر انہیں دور کرنے کی کوشش کی جا سکتی ہے۔
(3)طلبہ کی ذہنی اور تعلیمی صلاحیتوں کی شناخت ہوتی ہے۔ جس سے سُست، کمزور اور پسماندہ طلبہ کو درکار توجّہ دی جاتی اور  ان کی بھلائی کے لئے ٹھوس لائحۂ عمل تیار کیا جاسکتا ہے۔
(4)یہ ماہانہ جانچ پرکھ نہ صرف طلبہ میں سیکھنے کی رفتار اور پڑھائی کے معیار کو مزید اچھا کرنے میں مددگار ہوتی ہے بلکہ استاذ کے تدریسی اثرات کو بھی عیاں کرنے میں مددگار ہوتی ہے۔ یوں طلبہ اور اساتذہ اپنی اپنی تعلیمی و  تدریسی کمی کو دور کرنے میں کامیابی حاصل کر سکتے ہیں۔
تعلیمی ذمّے داران ہر ماہ اپنے جامعات کا دورہ کرتے ہیں۔ اور ہر درجے میں جاکر مختلف فُنون کی تین کتابوں کا جائزہ لیتے ہیں؛ جس میں ماہانہ تکمیلِ نصاب کی کیفیت کو چیک کرتے ہیں، اس ماہ پڑھائے گئے اسباق میں طلبہ سے سوالات کرتے ہیں تاکہ متعلقہ فنون میں طلبہ کی ذہنی و علمی ترقی، دلچسپی اور رُجحانات کا اندازہ لگایا جا سکتا ہے۔
ہر کتاب کے جائزے کے لئے 40 منٹ مختص ہیں، جس میں ضرورتاً کمی یا زیادتی بھی کی جاسکتی ہے۔ جائزے کے آخر میں اساتذہ اور ناظمین کے ساتھ ایک میٹنگ ہوتی ہے جس میں مجموعی کمزوری کے تَدارُک اور مزید بہتری کے لئے اہداف طے کئے جاتے ہیں جبکہ ضرورتاً اساتذہ اور ناظمین سے انفرادی مشورہ بھی ہوتا ہے اور بعدِ ظہر و عشا جامعۃُ المدینہ میں لگنے والے طلبہ کے تعلیمی حلقوں کا جائزہ اور نگرانی، درجے اور حلقوں کے حاضری رجسٹر کو بھی چیک کرتے ہیں۔
ماہانہ تعلیمی کارکردگی کی وصولیابی:
 ہر تعلیمی ماہ کے اختتام پر اساتذہ سے تعلیمی کارکردگی فارم جمع کروایا جاتا ہے جس میں زیرِ تدریس کتابوں کے نام، اس ماہ پڑھائی گئی مقدار، اب تک پڑھائے گئے کل صفحات کی تعداد اور اپنی حاضری کے ایام لکھنے ہوتے ہیں۔ مجلس تعلیمی امور ان فارمز کو چیک کرتی ہے۔ کسی کمزوری کے سامنے آنے پر اس جانب توجّہ دلائی جاتی ہے اور استاذ صاحب سے مشورہ کرکے اس کمزوری کو دور کرنے کی کوشش کرتی ہے۔